En 1992, tras la desaparición de Camarón de la Isla, la desolación toca a su puerta. La amistad que les unía era enorme, y la ausencia del genio está patente en todas las intervenciones del guitarrista. Por otro lado, entre los cantaores se extiende una especie de luz de gas hacia éste, que justifican con el argumento de que sólo sabe tocarle a Camarón. Sólo los grandes de verdad demuestran no tener miedo a ser acompañados por el que fue confidente, amigo y perfecto complemento musical de Camarón. Chano Lobato, Enrique Morente y Carmen Linares son de los pocos que no temen que el público, esperando la voz de Camarón tras las sublimes falsetas de Tomatito, se encuentren con otra voz, con otras formas musicales, provocando una decepción emocional difícil de superar en el resto del concierto. Y es que los flamencos también saben de escenificación y marketing.

A partir de este momento, José Fernández Torres se hace acompañar por otros músicos, Duquende y Potito entre ellos, en muchas ocasiones de su propio barrio, iniciando una carrera como guitarrista de concierto vertiginosa, y siendo acreedor de las más favorables críticas en todas sus intervenciones, como por ejemplo en 1993 en el Festival Flamenco de Madrid, 4º Homenaje al Taranto, en el Auditorio Nacional de Música de Madrid, en el Palau de la Música Catalana de Barcelona, en el Palau de la Música de Valencia, en el Palacio de Congresos de Granada, en la Universidad Complutense, en el Festival de la Guitarra de Córdoba, etc. Su prestigio aumenta, llegando a compartir escenario con artistas consagrados de fama internacional como Frank Sinatra y Elton John.

Numerosos e importantes son los éxitos que ha cosechado en el extranjero, entre los que destacan el Festival Internacional de Música de Estambul (Turquía), el VI Festival Internacional de Guitarra de Lyon (Francia), giras realizadas por Japón, Suiza, Francia y Alemania.

Aunque no ha dejado en ningún momento de dar conciertos con su grupo, en momentos puntuales ha realizado colaboraciones con algunos de los cantaores más reputados del momento y con otros artistas del panorama nacional relacionados con la copla, como Carlos Cano o con el pop, como Mecano. Especial mención merece la gira que efectuó por toda España con Enrique Morente, y cuyo resultado merece la calificación de “extraordinario“.

En 1987 graba su primer disco en solitario, llamado “Rosas del Amor”, al que seguirá el disco “Barrio Negro”, en 1991, con la colaboración de Camarón en unos tangos titulados “La Voz del Tiempo”. A lo largo de 1997, presentó "Guitarra Gitana" en la Plaza de Cataluña (Festes de la Mercé, Barcelona) y en el Auditorio de Palma de Mallorca entre otros lugares.

1997 es un año importante en la carrera de Tomatito, ya que coinciden dos circunstancias que marcarán su futuro inmediato. Se produce una explosión creativa acompañada de una actividad vertiginosa y recibe el reconocimiento oficial a su obra por parte de la Junta de Andalucía, materializado en la Medalla de Plata de dicha comunidad. Destacan en este año su primera composición musical para Teatro, en la obra "Madre Caballo", de Antonio Onetti, producida por el CAT y dirigida por Emilio Hernández. Onetti afirma "siempre vi la obra con esta música" y Terele Pávez, la actriz principal de la obra declaró "cuando aparece en el escenario esa guitarra te revuelve. Te levanta el personaje. Todos los actores nos sentimos sobrecogidos con ella...". También inició la colaboración con el pianista Michel Camilo realizando una gira por los más reputados escenarios del país, entre los que se encuentran el Festival de Jazz de Barcelona, el Palau de la Música de Valencia, el Gran Teatro de Córdoba y el festival "Sardinia Jazz" (Cerdeña), entre otros.
Al año siguiente, 1998, compone la música para la banda sonora de la película alemana "Bin Ich Schoen?" de Doris Doërrie, actúa en el festival "Espárrago Rock 98" en Granada, realiza una gira por Europea con su grupo, interviniendo en el "Festival de la Guitarra de Patrimonio" (Córcega) , en el "Festival de Mont-de-Marsan" (Francia), en el "Festival Flamenco de Tampere" (Finlandia) y en la "IX Nuits de la Guitare de Patrimonio" (Cerdeña) compartiendo cartel con John McLaughlin, Irakere y Chick Corea entre otros. En la "X Bienal de Arte Flamenco de Sevilla" presenta "Tomate & Friends", llegando a ser considerado como uno de los espectáculos más sobresalientes del festival. También estuvo presente en el “Festival El Guitarrazo” de Argentina con Luis Salinas y Lucho González.

En 1999 participó en el II Miedzynarodowy Festival de Guitarra en Polonia y realizó una gira por Cuba, Alemania, Argentina, Francia e Italia. Con Michel Camilo visita el Club de Jazz "Blue Note" de Tokyo y el Festival de Jazz de Basle. La prensa argentina dice :

<<En 1998 Tomatito llegó a Argentina compartiendo escenario con dos grandes de la guitarra, Luis Salinas y Lucho González. "El Guitarrazo" hizo posible el arribo de este músico nacido en los tablaos españoles, que de la mano de Camarón de la Isla y Paco de Lucía pasó a formar parte de la leyenda del Nuevo Flamenco

que se gestó en la década del '70. Guitarrista cabal, virtuoso e inspirado, Tomatito volvió a nuestro país con un espectáculo propio, "Noches Gitanas", y dejó en el aire porteño la magia de su arte.>> María Belén Luaces.

En el año 2000 realiza una gira por Europa con Arif Sag, y filma una película con Tony Gatlif.

Su colaboración artística con Michel Camilo se materializa en un disco que se edita en el año 2000 con el título "Spain", con el que obtiene el Grammy Latino al mejor disco de Jazz Latino. El concierto se presenta en el Carnegie Hall, dentro del marco del Jvc Jazz Festival además de los clubs de jazz Blue Note de Nueva York, Tokyo y Osaka. El disco “París, 1987” le proporciona otro Grammy por el mejor disco de flamenco. En este mismo año estrena el concierto Bajandí en la XI Bienal de Arte Flamenco de Sevilla, y después realiza una gira por Río de Janeiro, Nimes, Santo Domingo, etc.

En el 2001, obtiene el premio César como coautor de la banda sonora del film "Vengo" dirigido por Tony Gatlif y es nominado para los "Premios de la Música 2000”.

Paseo de los Castaños, es un disco que sale al mercado en el año 2001 y resulta una sorpresa para la afición flamenca de todo el mundo. A pesar de sus experiencias en otras formas musicales y en compañía de otros músicos, este disco es absolutamente flamenco, con el sonido al que Tomatito nos tiene acostumbrados. Un trabajo cargado de jondura, que alberga frescura y un glosario de chispas multicolores. Un disco que hace recorrer, en menos de una hora, ciento cincuenta años de historia flamenca, y que cuenta con la participación de sus propias hijas que empiezan a hacer incursiones en el universo del cante, así como la de George Benson.

Tras la presentación de este álbum participa en los festivales veraniegos de Jazz de Montreal, La Haya, Montreux y Umbria con el concierto Spain, presenta la campaña publicitaria de JVC en España, actúa en los festivales In Guitar y LaBatie de Genève cosechando un gran éxito.

En el año 2002 se ha editado un disco llamado Tomatito que, como recopilación, recoge una muestra importante de la evolución de este universal artista. Inicia el año con un concierto en el Palacio de Bellas Artes de Bruselas y lo continuó componiendo la música para la obra Salomé, dirigida por Carlos Saura para el BALLET AIDA GÓMEZ, clausurando con el Sexteto el Internacional Jazz Festival de Basilea y realizando una gira con Raimundo Amador por distintos puntos del país.

Atesorar éxitos se convierte en una constante de su carrera. Así, la crítica se deshace en halagos tras su actuación en octubre de 2003 en el Royal Albert Hall de Londres ante 2000 espectadores.

El año siguiente, el 2004, resulta ser un año de intensa actividad. Tras colaborar con Paco de Lucía en su disco “Cositas buenas”, prepara junto a Joan Albet Amargós el espectáculo “Sonanta Suite” en el que Tomatito se presenta ante el público acompañado de Orquesta Sinfónica en L’Auditori de Barcelona en Junio 2004 y posteriormente en el Festival Internacional de la Guitarra de Cordoba, en el Festival La Mar de Musicas, en Cartagena y en la XIII Bienal de Flamenco (Sevilla), entre otros eventos.

Le es otorgado un Premio Max de las Artes Escénicas como Mejor Director Musical por su composición musical para “Romeo y Julieta”, y en el mes de Junio ve la luz su disco titulado “Aguadulce”, que goza de extraordinaria crítica y con este nuevo repertorio visita Japón, Glatt &

Verkehrt Festival, Austria, Smetana Hall de Praga, Palais de Rois de Majorque, Montellier y el National Concert Hall de Dublin. Actuará además en el Carrefour de la Guitare, Martinica and the Festival des Andalousies Atlantiques, Essaouira, Marruecos.

El 2005 comienza con un concierto que llenó el Carnegie Hall, en el que acompaña después de 10 años a Enrique Morente y continúa con su gira mundial : Festival de Guitarra de Barcelona y los V Juegos Mediterraneos, Almería, el Museo de Arte Moderno Louisiana en Copenhagen, North Sea Jazz Festival, Barbican Centre, Londres, Nuits de la Guitare de Patrimonio y el Rivierenhof de Amberes.

Inicia el 2006 en Nueva York, grabando el disco SPAIN AGAIN con Michel Camilo. Tras una aclamada actuación en el Palau de la Música Catalana dentro del marco del Festival Mil.leni, presenta Aguadulce en el Cirque D’Hiver, Paris y posteriormente emprende gira por Francia visitando Bordeaux, Lyon, Le Havre y demás ciudades. SPAIN AGAIN ve la luz a mediados de Mayo y el dúo se prepara para actuar en los principales festivales de Jazz y espacios escénicos europeos, el Festival Intl. De la Guitarra de Córdoba, el Festival La Mar de Músicas de Cartagena, El Grec Barcelona entre otros.